十年前，发生了震撼世界的重大事件“第一次爱之夏”。兰顿失去了他的父亲阿德洛克，现在已经在边境城镇贝尔福雷斯特参加了塔州联盟军校。被称赞为英雄的已故父亲。什么都没有的单调日常。兰顿身边的一切都很闷。但在兰顿面前，世界上最古老的LFO尼尔瓦修突然出现。从驾驶舱出现的是优莱卡。兰顿和优莱卡的旅程将在哪里结束？

兰顿·萨斯顿是一名看似普通的十四岁少年，他的父亲牺牲自己拯救了地球而被世人称为英雄。然而兰顿对自己和作为机械工程师的祖父相依为命的生活现状却十分不满，流行的运动“滑空”成了他打发时间的唯一爱好。他最大的梦想是有一天能够加入传奇滑空天才霍兰德的组织“月光洲”，成为和他一样出色的滑空选手。可是他的祖父却希望他成为一名出色的机械工程师，继承家业。兰顿无聊的生活终于在某一天发生了改变，一架故障的神秘LFO突然冲进了他祖父的仓库，LFO的驾驶员是一名叫做艾蕾卡的少女。兰顿对艾蕾卡一见钟情，而在与赶来追击的军部武装战

与前作女主角优莱卡一样拥有一头青色头发的男主角是一名13岁少年，名字叫做弗卡依 青，目前弗卡依的父亲行踪不明，而母亲也在10年前不知被谁带走了。现在正与诊疗所里的老医生托斯奥一同生活。而女主角阿拉塔 娜露同样也是13岁，是与弗卡依一同成长的青梅竹马，阿拉塔因为童年时的事故而使拥有“犹达”力量的眼睛觉醒。阿拉塔自少身体便虚弱，需要把酸素放入在手上的酸素吸入器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行着自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的“珊瑚岩”受到了外界的攻

故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场，之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年，阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键，安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类，已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是，阿尼莫奈潜入Eureka Seven的内部——。