故事讲述了在长洲出生长大的4个女孩，其中阿娇被情敌所伤，为了报仇，下了决心学游泳，请了方力申作教练。原本两人是冤家，但后来发展成为情侣，但其中加插黄圣依作二人的第三者。最后阿娇在方力申教导下，由对游泳白痴成为出水芙蓉。

1937年，日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事――逃难。紧接着，许多男人也因为各种原因进入了教堂。围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里

林婷（陶虹 饰）是花样游泳队的教练，某次十分重要的比赛中，她接到了丈夫方信出车祸生命垂危的消息。方信的女儿方晓轩（宋佳 饰）是游泳队中的一员，此刻正在赛场上比赛，为了不影响方晓轩的比赛状态，林婷决定对她隐瞒此事。然而最终方晓轩还是知晓的真相，当她放弃了比赛赶到医院时，等待着她的却是父亲冰冷的遗体，为此，方晓轩恨透了林婷，觉得她是一切悲剧的罪魁祸首。因为经费紧缺，领导决定解散花样游泳队，唯一保住游泳队的方法，就是拿出五十万的赞助费。终日操劳的林婷体力不支病倒了，之后，方晓轩的腿亦在一场意外之中受伤严重。为了