赫拉克勒斯是天神宙斯与底比斯王后所生的儿子。半人半神的他，自幼在凡尘中成长，饱受人世间的各种磨难。在误杀家人并完成十二件赎罪苦差之后，身心疲惫的他背弃诸神，以血腥残酷的战争麻醉自己。六名与他有相似经历的战友，将战争及死亡视为乐事。他们从不问为何征战，亦不会问要杀的是什么人；只在乎有多少奖金。这群悍将，受色雷斯国王邀请，要为他训练出史上最强的军队，与另一暴君作战。在重赏之下，他们欣然受命；但透过训练新军，他们终觉悟到自己罪孽深重，因此决定踏上充满荆棘的救赎之路……

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？

不堪忍受奥林匹斯众神残暴压迫的阿戈斯国王亚克里斯奋起反抗，对至高无上的神明大为不敬。在冥王哈迪斯的怂恿下，天神宙斯决定对愚蠢的人类施以惩罚。遭遇海难流落到阿戈斯的青年珀修斯是宙斯和亚克里斯的皇后生下的半神，他亲眼目睹哈迪斯所施下的恐怖神迹，并得知哈迪斯将释放北海怪兽克拉肯惩戒世人，除非亚克里斯将美丽的公主安德鲁美达作为牺牲献给众神。在女神爱娥的点拨下，珀修斯知晓了自己的身世与使命，于是决定启程杀死北海怪兽并摧毁哈迪斯的阴谋……