恐怖组织“眼镜蛇”（Cobra）企图征服世界，美国政府为了保卫国家而组成了特种部队－－G.I.Joe。杜克领导特种部队，为了抵御邪恶的眼镜蛇头领及其部下，发誓不论何时何地要为自由而战，赴汤蹈火，除暴安良以伸张正义。战斗不断升级，对决一触即发。

恐怖组织眼镜蛇在控制住了所有国家的元首之后，他们终于开始要向美国总统动手了，他们的目标就是控制全世界。而特种部队这边则因为出现了叛徒而忙乱不已。因为上一次的交手，谁也没有赢，所以特种部队和眼镜蛇两方面都在寻找下一次袭击对方的机会。只是，这次的战斗对于特种部队来说更是难上加难。因为他们不仅仅要对付眼镜蛇这一伙人，还有自己的叛徒。除此之外，全世界被控制住的政要都开始反对特种部队了