京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？

公元2012年，MU族在东京降下，当时的驻日美军和日本自卫队联合对其进行进攻并在后期使用了战术核武器，结果是惨败，MU族使用TOKYO JUPITER割断了东京与外界的一切联系，地球上的国家组成了地球联合军与之对抗，但是在初期受到了MU的人形兵器的毁灭性打击，在TERRA成立之后，由于对MU的研究深入和科技发展，双方一度处于胶着状态，直到2027年，在TERRA组织的一次名为OVERLORD的渗入行动后神名绫人驾驶着RAHXEPHON投向地球联合阵线，才使这一切有所改变，旧世界毁灭新世界诞生的乐章就此开始

因为某些原因离家出走的地纹明日汰，在路上遇见了骑着辅助轮脚踏车的幼女·星宫凯特，被夺走了包子之后顺带被强迫加入了“星”。成为战斗员的明日汰，在星宫凯特的命令下朝着不明的目标前进。此时，陆上自卫队正在与“星”的巨大兵器交战中，而明日汰在公园里发现凯特掉落的玩偶后，被自卫队的战车包围了起来。这时，“星”的成员纷纷出现在他面前……将我们的星（звезда ）光，遍布世界吧！