本季属越狱兔系列的前传，故事背景设定在1958年。基里连科被炸烂后，全身绑着绷带，被送到监狱。虽然行动断断续续，但威力还是强大，而狱警们却捉弄他，反倒遭到基里连科的反击。

变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。