“真相就像骨头，虽然隐藏在皮肤、脂肪与血肉之下，却默默支撑著所有的一切。事物之间必有关连，就像生物必有骨肉一样。”居住在北海道旭川一栋复古宅邸里的美人大小姐·九条樱子有个令人难以理解的嗜好：她是个“比起三餐更爱骨头”的人，除了身为组立骨头的标本师以外，她也负责解开杀人事件，并充任验尸官之职。哪儿有“死亡”，她就往哪儿跑。住在附近的平凡高中生·馆胁正太郎是樱子小姐的好朋友，虽然知道樱子小姐个性古怪，但还是为她所着迷，跟着她到处跑，结果碰上了不少和尸体有关的事件。

19年后，印第安纳琼斯博士再次启程，旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力量。在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还只是传说。可奥克斯之后却不知何故丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜）深深着迷于所谓的神秘力量，她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域，找寻失落的黄金城埃克托王国。在秘鲁密林，琼斯等人和苏军展开酣畅淋漓的战斗，其间还伴随着沼泽、食人蚁、原始土著攻击等致命威胁，在他们历经千难万险，最终踏入密室的那一刻，世界上最奇异的景象出现了.