韦小宝刁钻聪敏，自小随母居扬州妓院，因义气助天地会人打退清兵，被老太监私禁宫中冒充小太监。后与少年皇帝康熙成为莫逆之交，并协助消灭奸臣，成为宫中红人。韦小宝更误打误撞得天地会总舵主暗中收为弟子，要他伺机刺杀康熙，令其左右为难。韦小宝无意间得悉神龙教派人假扮太后潜伏于宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图，真太后则被囚禁，康熙遂联合韦小宝，几经艰险，救出太后。韦小宝施妙计令康熙父子团聚，又挑拨神龙教人自相残杀，再建一功，衣锦还乡。不久，江山大统，康熙命韦小宝前往消灭天地会，韦小宝这才知道康熙早已洞悉自己的秘密。

韦小宝刁钻聪敏，自小随母居扬州妓院，因义气助天地会人打退清兵，被老太监私禁宫中冒充小太监。后与少年皇帝康熙成为莫逆之交，并协助消灭奸臣，成为宫中红人。韦小宝更误打误撞得天地会总舵主暗中收为弟子，要他伺机刺杀康熙，令其左右为难。韦小宝无意间得悉神龙教派人假扮太后潜伏于宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图，真太后则被囚禁，康熙遂联合韦小宝，几经艰险，救出太后。韦小宝施妙计令康熙父子团聚，又挑拨神龙教人自相残杀，再建一功，衣锦还乡。不久，江山大统，康熙命韦小宝前往消灭天地会，韦小宝这才知道康熙早已洞悉自己的秘密。

在京城的一家小馆，韦小宝因出言不逊，引起了宫中海大富的注意，并因其小聪明让海公公觉其可为己用，因此命库布的武士，将茅十八和韦小宝强行带回宫中。小宝与茅十八被绑在海公公处，接受审问。海公公突然病情发作，吃过药后又浑身燥热需要泡冰水，审问被中断。趁着海公公泡澡的时候，小宝和茅十八配合，将一整瓶的药剂全部倒进了海公公的茶碗里。由于过量用药，致使海公公双目失明，推倒小桂子，使其头部磕在桌子上一命呜呼。得知小桂子已死，海公公要留下小宝陪自己。

影片前半部描写韦小宝与神龙教主之间从原来互相敌对变成大被同眠的有趣经过，后半部则描写康熙皇帝将御妹建宁公主赐婚给一方之霸的吴三桂之子吴应熊，韦小宝奉命护送出嫁，使他备感苦恼。