在正篇中讲述五个童年玩伴曾经在小的时候组成了一个的小组织“Little Busters”，长大后升入高中的他们为了享受最后的高中生活，组建了一支棒球队名字依然像小时候一样叫作“Little Busters”，之后棒球队的成员们遇到了各种各样烦恼的故事。本作作为特典动画，剧情分别由二木佳奈多、笹濑川佐佐美、朱鹭户沙耶这三名在正篇剧情中属于配角的女性角色，主要围绕她们各自的故事展开。

幼年时，主人公直枝理树因双亲去世而陷入自闭。某日，在时常被痛苦所萦绕的少年面前出现了四个孩子——自称名为“Little Busters”的少年们：枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾，他们宣布由于世界面临巨大的危机，不得不借助理树的力量来对抗强敌。随即，他们来到了近处的蜜蜂巢穴，与蜜蜂们展开了搏斗，最终弄得浑身被蜇伤，又引起了火灾，召唤来了救火车和无数大人……而后孩子们被校长狠狠地训斥了一顿。但也由此，他们带领着理树走到了外面的世界。虽然理树经常被卷入他们所造成的骚动，却也渐渐忘记了自己的寂寞和伤痛。《Li